Τα πρώτα δύσκολα χρόνια
Την εποχή εκείνη η Ένωση βρέθηκε κάτω από αντίξοες περιστάσεις, καθώς ο Α' Παγκόσμιος Πόλεμος και στη συνέχεια η Μικρασιατική Καταστροφή προκάλεσαν την κατάρρευση της Ελλάδας "των πέντε θαλασσών και δύο ηπείρων", καθώς ο τελικός καθορισμός των ελληνοτουρκικών συνόρων είχε ως αποτέλεσμα τον περιορισμό των ελληνικών ακτών. Η συνεισφορά του επιβατηγού στόλου υπήρξε καθοριστική τον Αύγουστο του 1922, όταν τα πλοία προσέγγισαν στα παράλια της Μικράς Ασίας διευκολύνοντας το σωστικό έργο στα υπό εγκατάλειψη εδάφη.
Μοιραία η δραστηριότητα της ελληνικής ακτοπλοΐας περιορίστηκε στον στενό πλέον ελλαδικό χώρο (Αιγαίο, Ιόνιο και Κρητικό Πέλαγος), συρρικνώνοντας δραματικά τη διακίνηση επιβατών και εμπορευμάτων, καθώς παραδοσιακές γραμμές όπως της Αλεξάνδρειας, της Κωνσταντινούπολης, της Μαύρης Θάλασσας αλλά και της Αδριατικής έπαψαν να εξυπηρετούνται από τα ελληνικά επιβατηγά πλοία.
Την κρίσιμη κατάσταση που είχε περιέλθει η ακτοπλοΐα επιχείρησε να λύσει το Κράτος με διάταγμα για την εφαρμογή από την 1η Μαΐου 1927 ενιαίου Κρατικού Ναυλολογίου Επιβατών και Εμπορευμάτων, ενώ στο ίδιο διάταγμα καθορίζονταν οι φόροι και τα διάφορα τέλη και δικαιώματα επί των ναύλων.
Έναν χρόνο αργότερα αποφασίστηκε από τον τότε Πρωθυπουργό Ελευθέριο Βενιζέλο η σύσταση Επιτροπής ώστε να μελετηθούν στο σύνολό τους τα προβλήματα της ελληνικής ναυτιλίας, που είχε ως αποτέλεσμα την ίδρυση, στις 22 Μαΐου 1929, της ανώνυμης Εταιρείας "Ακτοπλοΐα της Ελλάδος (ΑΚΤΕΛ)", στην οποία ενσωματώθηκε η πλειοψηφία των ατμοπλοϊκών εταιρειών.
Η συμβολή της επιβατηγού ναυτιλίας στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο
Με την κήρυξη του Β' Παγκοσμίου Πολέμου το Γενικό Επιτελείο Ναυτικού έθεσε σε εφαρμογή το σχέδιο θαλασσίων μεταφορών και ως τις 31 Οκτωβρίου 1940 είχε ολοκληρωθεί η επίταξη 47 συνολικά επιβατηγών πλοίων, 3 εκ των οποίων μετασκευάστηκαν σε νοσοκομειακά. Τον Νοέμβριο του 1940 με την εξέλιξη των πολεμικών γεγονότων οι ανάγκες αυξάνονταν και τη λύση έδωσαν ξανά τα πλοία, όταν τα 4/5 του συνόλου των εφοδίων για την υποστήριξη του Στρατού στο αλβανικό μέτωπο μεταφέρθηκαν από τη θάλασσα. Παράλληλα, για να καλυφθούν οι αναγκαίες μετακινήσεις και ο επισιτισμός του πληθυσμού διατέθηκαν 12 πλοία της ακτοπλοΐας.
Μεταξύ 6ης Απριλίου και 31ης Μαΐου 1941, κατά τη διάρκεια της γερμανικής εισβολής στην Ελλάδα, ο ακτοπλοϊκός στόλος καταστράφηκε σχεδόν ολοσχερώς κι ενώ προηγουμένως είχε προσφέρει πολύτιμες υπηρεσίες στον ελληνοϊταλικό πόλεμο, χωρίς απώλειες.
Από τους γερμανικούς βομβαρδισμούς βυθίστηκαν στο λιμάνι του Πειραιά 9 πλοία, στην Κρήτη 17, σε διάφορες ελληνικές ακτές 88, ενώ 13 κατελήφθησαν από τους εισβολείς, τα οποία βυθίστηκαν κι αυτά αργότερα. Στη διάρκεια του πολέμου η ελληνική επιβατηγός ναυτιλία έχασε το 96% του στόλου της, καθώς τα επιβατηγά πλοία που διασώθηκαν το διάστημα αυτό ήταν μόλις 5.
Τα Γραφεία της Ένωσης στεγάζονταν από την ίδρυσή της στο Μέγαρο Γιαννουλάτου στον Πειραιά, όμως μετά την κατάρρευση του αλβανικού μετώπου και την είσοδο των Γερμανών στην Ελλάδα, στις 6 Ιουνίου 1941, το κτίριο επιτάχθηκε από τα γερμανικά στρατεύματα και ο τότε Πρόεδρος Παναγής Γιαννουλάτος προχώρησε εσπευσμένα στην εκκένωσή του, μεταφέροντας προσωρινά τα αρχεία του σωματείου στο Ναυτικό Επιμελητήριο της Ελλάδος, αν και μετά τη βύθιση σχεδόν όλου του ακτοπλοϊκού στόλου και κατά το διάστημα της κατοχής, η ύπαρξη της Ένωσης ήταν άνευ αντικειμένου.
Η Ένωση ενεργοποιήθηκε ξανά μετά την απελευθέρωση της Ελλάδας και η πρώτη μεταπολεμική Γενική Συνέλευση πραγματοποιήθηκε στις 9 Νοεμβρίου 1945. Το ελληνικό κράτος δεν είχε φροντίσει την ασφάλιση των επιταγμένων επιβατηγών πλοίων σε μεγάλους ασφαλιστικούς οργανισμούς του εξωτερικού, ωστόσο ένας μόλις χρόνος υπήρξε αρκετός ώστε το 1946 να αποκατασταθεί με ιδιωτική πρωτοβουλία το δίκτυο εσωτερικών θαλάσσιων συγκοινωνιών, στην αρχή με μικρότερα επιβατηγά πλοία και αργότερα με μεγαλύτερα.
Μετονομασία σε Ένωση Εφοπλιστών Επιβατηγών Πλοίων
Με τη μεταστροφή πολλών ακτοπλοϊκών σκαφών από πλοία τακτικών ακτοπλοϊκών γραμμών σε κρουαζιερόπλοια, παρατηρήθηκε μια διαφοροποίηση των εφοπλιστικών συμφερόντων και αιτημάτων, με αποτέλεσμα το καταστατικό της Ένωσης, που ίσχυε από το 1930 με επουσιώδεις τροποποιήσεις, να μην εξυπηρετεί πλέον και να χρήζει εκσυγχρονισμού.
Το 1969 με τροποποίηση του Καταστατικού η επωνυμία της Ένωσης έγινε «Ένωσις Εφοπλιστών Επιβατηγών Πλοίων». Είχε προηγηθεί η σχετική απόφαση στη Γενική Συνέλευση της 27ης Δεκεμβρίου 1968, με το σκεπτικό ότι η νέα επωνυμία «αφ' ενός μεν είναι πλέον αντιπροσωπευτική του αντικειμένου της Ενώσεως, αφ' ετέρου δε επιτρέπει τη δυνατότητα συμμετοχής πλοιοκτητών ασχολουμένων με την εκμετάλλευσιν παντός τύπου και κατηγορίας επιβατηγών πλοίων εις τρόπον ώστε να καταστεί δυνατή η συμμετοχή, σε μίαν ευρύτεραν της παρούσης Ένωσιν, πάντων των με το επιβατηγόν πλοίον ασχολουμένων».
Τη δεκαετία του 1970 η ελληνική επιβατηγός ναυτιλία είχε διαμορφωθεί ως εξής: Υπερωκεάνιος Ναυτιλία, Τουριστική Ναυτιλία, Επιβατηγά - Οχηματαγωγά Διεθνών Πλόων, Επιβατηγά - Οχηματαγωγά Εσωτερικών Γραμμών και Πορθμεία.
Μετονομασία σε Σύνδεσμο Επιχειρήσεων Επιβατηγού Ναυτιλίας
Το 2004 με νέα τροποποίηση του Καταστατικού μετονομάστηκε σε «Σύνδεσμο Επιχειρήσεων Επιβατηγού Ναυτιλίας», όπως ισχύει μέχρι σήμερα. Είχε εγκριθεί ομόφωνα στη Γενική Συνέλευση τον Ιανουάριο του ίδιου έτους κι έπειτα από τις προβλεπόμενες διαδικασίες κύρωσης από το Πρωτοδικείο επισημοποιήθηκε την 28η Δεκεμβρίου 2004, ώστε «να διευρυνθούν οι στόχοι και σκοποί του Συνδέσμου, με την εγγραφή μελών που αναπτύσσουν κάθε είδους δραστηριότητα στις θαλάσσιες μεταφορές με επιβατηγά και επιβατηγά – οχηματαγωγά πλοία».
Σήμερα, μέλη του Συνδέσμου Επιχειρήσεων Επιβατηγού Ναυτιλίας είναι ελληνικές και ευρύτερα κοινοτικές πλοιοκτήτριες και διαχειρίστριες εταιρείες επιβατηγών - οχηματαγωγών και επιβατηγών εν γένει πλοίων, τα οποία δραστηριοποιούνται στον χώρο της ακτοπλοΐας, των διεθνών γραμμών και της κρουαζιέρας.